Aufgabe des IQWiG ist es, fachlich unabhängige, evidenzbasierte Gutachten zum Beispiel zu Arzneimitteln, Medizinprodukten, nichtmedikamentösen Behandlungsmethoden und Verfahren der Diagnostik zu erstellen. Direkt beauftragt werden kann das IQWiG zum einen vom Gemeinsamen Bundesausschuss (G-BA) und zum anderen vom Bundesgesundheitsministerium (BMG). Darüber hinaus kann das IQWiG auch in eigener Verantwortung offene Fragen der Gesundheitsversorgung aufgreifen. Das IQWiG führt dazu selbst keine Studien durch, sondern wertet Studien nach den Methoden der evidenzbasierten Medizin aus.