Der Beschwerdeausschuss entscheidet über Widersprüche gegen Bescheide der Prüfungsstelle. Gegen eine Entscheidung des Beschwerdeausschusses kann vor dem Sozialgericht Klage eingereicht werden.

Der Beschwerdeausschuss besteht aus Vertretern der Kassenärztlichen Vereinigung und der Krankenkassen in gleicher Zahl sowie einem unparteiischen Vorsitzenden. Der Beschwerdeausschuss nimmt seine Aufgaben eigenverantwortlich wahr. Dabei kann der Beschwerdeausschuss von der Prüfungsstelle organisatorisch unterstützt werden.