Die Landesverbände der Krankenkassen und die Ersatzkassen sowie die Kassenärztliche Vereinigung bilden in jeder KV-Region eine Prüfungsstelle (§ 106c SGB V).

Diese Prüfungsstelle führt die Wirtschaftlichkeitsprüfung durch. Dazu bereitet sie die erforderlichen Daten und Unterlagen auf, beurteilt diese und entscheidet bei Prüfverfahren. Gegen die Entscheidungen der Prüfungsstelle können alle Beteiligten (Ärzte, Krankenkassen und Kassenärztliche Vereinigungen) Widerspruch einlegen.